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1932年8月，东京若松町的陆军军医学校内，所谓的“防疫研究室”终于设立了。尽管当时是设在防疫部的地下室，规模较小，石井四郎也仅有5名助手，但却是石井四郎“食人魔窟”起始的雏形。
1932年末，为了加紧细菌战的研究，日本军部一再下令：要“以物质和名望来满足石井四郎的需要”。经日本陆军参谋本部批准，在秘密账户上拨款20万日元。而在当时的日本还正处于经济大恐慌时期，20万日元可算是一笔很大的经费了。其他日本陆军部队的经费都处于拮据之中，而石井四郎的细菌战研究经费的预算却是在逐年地增加。
1933年8月，日本陆军军医学校校长小泉将自己实验室后面的一块地给了石井四郎，在此处又建成一栋面积达1795平方米的新楼，与防疫部原来的建筑相接连，并改称为“防疫研究所”。
直到1945年日本投降，这里一直是石井四郎在东京的细菌战大本营，石井曾洋洋得意地说：它是日本“制造军火工厂的楷模”。
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